יחידת החשבות והבקרה אחראית על נושא החשבות של תקציב ות"ת מול כלל המוסדות המתוקצבים להשכלה גבוהה. היחידה מלווה ומבצעת ביקורת שוטפת מול מוסדות אלה וגורמים נוספים.