בהמשך לדיון בנושא שיתוף פעולה של הקרן עם משרד החינוך, שהתקיים בישיבת ות"ת ביום 25.11.15, להלן עקרונות להסדרת שיתופי פעולה מחקריים עם משרדי ממשלה, אם בהעברת כספים דרך ות"ת ואם ישרות מהמשרד. שיתופי פעולה מחקריים של הקרן עם גופים ממשלתיים נדרשים בשל יתרונותיה הרבים הכוללים בין היתר את חשיפתה לכלל קהילת החוקרים בארץ, הניסיון הנצבר בשיפוט הצעות למחקר בסיסי על בסיס איכות ומצוינות, יכולותיה הארגוניות של הקרן והמוניטין שצברה לה בארץ ובחו"ל. בד בבד, יש מקום להסדיר זאת מכיוון שמדובר במימון מלא של משרד ממשלתי לפי סדר עדיפות שלו ועל כן ות"ת לא תידרש לצורך במחקר. כן יש להבטיח כי המשרד הממשלתי הוא זה שיבדוק באופן מלא את הביצוע וכי הקרן היא האחראית הבלעדית לשירותים הניתנים על ידה ולמחויבויות שלה מול המשרד הממשלתי, וכן הקרן תתחייב שהמחקר המסוים לא ייפגע בפעילותה השוטפת המתוקצבת ע"י ות"ת ברובה המוחלט. יצוין כי העקרונות המובאים במסמך יהוו חלק מההסדרה הכוללת של נהלי העבודה בין הגופים.

עקרונות להסדרת שיתופי פעולה של הקרן הלאומית למדע עם גופים ממשלתיים:

1. על הקרן לידע את הגורמים המקצועיים בות"ת על תחילת תהליך של שיתוף פעולה בינה לבין גופים ממשלתיים אחרים.
2. גופים ממשלתיים שיבקשו לממן מחקרים שיוגשו וישפטו באמצעות הקרן, יעבירו את המימון למחקרים רק לאחר מתן אישור ות"ת מראש. אין מניעה להעברת התקציב ישירות לקרן ושלא באמצעות ות"ת.
3. הגוף הממשלתי יעמיד את מלוא המימון או חלקו לתכנית המחקר, כפי שיסוכם עם הקרן, מימון זה יכלול בין היתר גם עלויות תקורה של הקרן. הגוף הממשלתי יהיה האחראי הבלעדי לבדיקת ביצוע התכנית על ידי הקרן ועל כלל המחויבויות בעניין זה.
4. הקרן אחראית באופן בלעדי לעמוד בהתחייבויותיה כלפי הגופים הממשלתיים.
5. הואיל והגוף הממשלתי נושא בעלות מימון התכנית הוא ולא וות"ת, אחראי בהתייחס לסדר העדיפות ולבחינת הצורך בתכנית בהתאם למדיניותו בנושא.
6. הקרן תתחייב בפני ות"ת כי בכל מקרה לא תשתמש בתקציב המועבר באמצעות ות"ת למימון תכניות במסגרת שיתופי פעולה כאמור, שינוהלו כספית באופן נפרד ("תקציב סגור"). כמו כן, הקרן תתחייב בפני ות"ת למניעת כפל תקצוב.
7. הקרן תתקשר בשיתופי פעולה כאמור, רק ככל שלא יהיה בהם כדי לפגוע בפעילותה השוטפת והמתוקצבת באמצעות ות"ת.
8. הקרן תגיש לות"ת כל שנה דיווח כספי בתכניות אלה בהתאם לנדרש.
9. האחריות לעמידה בעקרונות אלה היא של הקרן אשר תיידע את הגופים הממשלתיים בנושא.