בהמשך להחלטות הממשלה בנושא הקמת ביה"ס לרפואה ובהמשך לדיונים בין משרדי הממשלה, הוגדר שהממשלה תשתתף במחצית מעלויות ההקמה. החלוקה בין משרדי הממשלה לות"ת מבוצעת באופן הבא:

• פעילות שוטפת – ות"ת נושאת בהשתתפות בתקציב השוטף בתקופת ההקמה באמצעות סעיפי התקצוב הרלוונטיים.
• הצטיידות וקליטת חוקרים – השתתפות הממשלה מבוצעת בהתאם להסכם בין- משרדי (משרד האוצר, הבריאות, המשרד לפיתוח הפריפריה הנגב והגליל וות"ת) וע"פ החלטת הממשלה מיום 13.6.2016.
• פיתוח פיסי – בניית המתחם הזמני של הפקולטה הוגדרה כתקציב תוספתי שניתן ע"י משרד האוצר והמשרד לפיתוח הפריפריה הנגב והגליל.

לגבי הפעילות השוטפת, עד כה, תקצבה ות"ת 128 מיליון ₪ מתוך 184 מיליון ₪ (184 מיליון ₪ מהווים מחצית מההוצאות השוטפות לצרכי תקצוב להם התחייבה הממשלה), בהתאם לנתוני תקציב הפקולטה וע"פ ההתאמות נדרשות. הפער בהשתתפות הינו כ-56 מיליון ₪. על כן, מחליטה ות"ת, בשלב זה, על השלמת ההשתתפות בתקציב השוטף באופן הבא:

1. חוב אוניברסיטת בר-אילן משנת תשס"ט בהיקף של 60 מיליון ₪ ליעודות שהוקמו בסיוע ות"ת, יופחת ב- 45 מיליון ₪ וזאת בהתאם להחלטת ות"ת מיום 18.1.2017 בנושא.
2. הקצאת 15 מיליון ₪ עבור ההוצאות השוטפות, אשר יועברו בשתי פעימות בשנים תשע"ז ותשע"ח.
3. בנוסף על כך, תוקצה השתתפות חד-פעמית לתמיכה בתקציב הפקולטה בסך 10 מיליון ₪, שתועבר בכפוף לדיווחי האוניברסיטה על קליטת סגל וההוצאות הנלוות לכך.
4. סיכום זה מהווה מיצוי תביעות של אוניברסיטת בר-אילן להשתתפות מצד מקורות ממשלתיים לתקציב השוטף.
5. החלטה זו מותנית בהמשך מתווה התקצוב המוסכם על משרדי הממשלה. ככל שאופן חלוקת ההשתתפות ישתנה, ות"ת מבהירה כי השינוי יחול גם על ההשתתפות בתקציב השוטף.