האגף אחראי על תכנון והצעת מסגרת התקציב למערכת ההשכלה הגבוהה (בהתאם למדיניות שנקבעה על-ידי ות”ת). התקציב כולל בין היתר פיתוח פיזי של המערכת, מצוינות במחקר ובהוראה, הנגשת המערכת לאוכלוסיות ייחודיות ועוד.