האגף האקדמי אמון על תהליך ההכרה וההסמכה של המוסדות להשכלה גבוהה, תכניות לימודים חדשות ומינוי פרופסורים. במסגרת זו האגף מנחה ועדות מקצועיות וסוקרים, לרבות הוועדות העליונות למינוי פרופסורים. כמו כן מהווה האגף את מזכירות המל”ג, כאשר במסגרת זו הוא אחראי על עבודתן ופעילותן של מליאת המל”ג וועדות המשנה שלה.