إثر فرادة لجنة التخطيط والمُوازَنة كهيئة مستقلّة، بين الحكومة والمؤسسات الوطنية من جهة وبين مؤسسات التعليم العالي من جهة أخرى، تعمل لجنة التخطيط والمُوازَنة، بالتنسيق مع المسؤول عن الأجور في وزارة الماليّة، كمُنظِّم في كلّ ما يتعلّق بالتنظيم والإشراف على مسائل الأجر وظروف التشغيل في مؤسسات التعليم العالي، من بينها مسؤولية لجنة التخطيط والمُوازَنة عن تحديث ونشر جداول الأجور ومقدار الأجور للطاقم الأكاديمي في الجامعات والكليات، نشر إرشادات لمسارات التشغيل وظروف العمل للطاقم الأكاديمي والإداري في الكليات الأكاديمية، معالجة تجاوزات الأجور والعمل في مؤسسات التعليم العالي المموّلة من لجنة التخطيط والمُوازَنة، وغير ذلك. إضافة إلى ذلك، تشارك لجنة التخطيط والمُوازَنة في المفاوضات حول اتفاقيات الأجور للطاقم الأكاديمي والإداري في المؤسسات المموَّلة للتعليم العالي

فضلًا عن ذلك، تُدير لجنة التخطيط والمُوازَنة قاعدة بيانات للطاقم الأكاديمي، هدفها تلبية حاجات تنفيذ مهامّ مجلس التعليم العالي في مجالات الإشراف والمراقَبة ولغرض إجراء امتحان اعتراف أكاديمي بمؤسسات التعليم العالي والمصادقة على برامج دراسية.