האגף אמון על איסוף מידע על מערכת ההשכלה הגבוהה בארץ ובעולם בהיבטים של הוראה ומחקר, וכן מבצע עבודות תכנוניות ביחס למערך ההשכלה הגבוהה ותכניות הלימוד הנדרשות.